利用PCR方法檢測轉(zhuǎn)基因成分時(shí),經(jīng)常出現(xiàn)假陽性、假陰性、非特異性擴(kuò)增和涂抹帶。尤其是假陽性和假陰性可使檢測結(jié)果得出錯(cuò)誤結(jié)論,有時(shí)可造成嚴(yán)重后果。為了提高轉(zhuǎn)基因檢測的準(zhǔn)確性和可靠性,PCR檢測應(yīng)盡量減少假陽性、假陰性、非特異性擴(kuò)增和涂抹帶現(xiàn)象的發(fā)生。一個(gè)好的PCR方法不但要求特異性好、靈敏度高、還要求具有高的可重復(fù)性、重現(xiàn)性、魯棒性,盡量減少假陽性、假陰性和非特異性擴(kuò)增。
假陽性是指檢測陰性材料得到陽性結(jié)果。如果一次實(shí)驗(yàn)中的幾個(gè)陰性對(duì)照中出現(xiàn)一個(gè)或幾個(gè)陽性結(jié)果,提示本次實(shí)驗(yàn)中其它標(biāo)本的檢測結(jié)果可能有假陽性。實(shí)驗(yàn)中設(shè)立的陰性對(duì)照可提示有無假陽性結(jié)果出現(xiàn)。
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1. 樣品間交叉污染:樣本污染主要有收集樣本的容器被污染,或樣本放置時(shí),由于密封不嚴(yán)溢于容器外,或容器外粘有樣本而造成相互間交叉污染;樣本核酸模板在提取過程中,由于吸樣槍污染導(dǎo)致標(biāo)本間污染;
2. PCR試劑的污染:主要是由于在PCR試劑配制過程中,由于加樣槍、容器、雙蒸水及其它溶液被PCR核酸模板污染。
3. PCR擴(kuò)增產(chǎn)物污染:這是PCR反應(yīng)中zui主要zui常見的污染問題。因?yàn)镻CR產(chǎn)物拷貝量大(一般為1013拷貝/ml),遠(yuǎn)遠(yuǎn)高于PCR檢測數(shù)個(gè)拷貝的極限,所以極微量的PCR產(chǎn)物污染,就可形成假陽性。
4. 氣溶膠污染:在空氣與液體面摩 擦?xí)r就可形成氣溶膠,在操作時(shí)比較劇烈地?fù)u動(dòng)反應(yīng)管,開蓋時(shí)、吸樣時(shí)及污染進(jìn)樣槍的反復(fù)吸樣都可形成氣溶膠而污染。據(jù)計(jì)算一個(gè)氣溶膠顆粒可含48000拷貝,因而由其造成的污染是一個(gè)值得特別重視的問題。
5. 實(shí)驗(yàn)室中克隆質(zhì)粒的污染:由于克隆質(zhì)粒在單位容積內(nèi)含量相當(dāng)高,另外在純化過程中需用較多的用具及試劑,而且在活細(xì)胞內(nèi)的質(zhì)粒,由于活細(xì)胞的生長繁殖的簡便性及具有很強(qiáng)的生命力,其污染可能性也很大。在分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室及某些用克隆質(zhì)粒做陽性對(duì)照的檢驗(yàn)室,這個(gè)問題比較常見。